Со времен Ураганных хроник прошло 4 года. Наши герои выросли, многие уже стали джонинами и впервые ступили на тропу взрослой жизни. Саске убил брата, и, после долгих скитаний по миру шиноби, решил вернуться в родное селение, чтобы возродить клан Учиха (для тех, кто читал мангу - Тоби не сумел добраться до Учихи первым, и его спасли Хеби). Узумаки усердно тренируется, по прежнему стремясь занять пост Хокаге. В Конохе сейчас идет относительно спокойная жизнь...

Орочимару сумел таки найти способ избежать смерти, сотворив своего клона, оставленного в одной из сверхсекретных лабораторий. Когда настоящий саннин умер, его двойник ожил и продолжил дело своего создателя. Целью Орочимару является овладение всеми существующими ниндзюцу... Ему не удалось завладеть Шаринганом, но он изобрел новый метод, который позволит саннину создать совершенное тело, не стареющее, владеющее всеми стихиями чакры и практически неуязвимое. Проблема в том, что для исполнения задуманного Орочимару нужна сила хвостатых. А также временные сосуды, способные переносить демонов и защищать их до тех пор, пока идет подготовка. Для этого Орочимару создает собственную организацию, состоящую из лучших его учеников и преступников S-класса. Организация носит название Дэхаири (Ядовитые змеи) и ее штаб-квартира располагается в селении Звука.
Кабуто по прежнему служит своему перерожденному сенсею, но теперь юноша значительно сильнее чем раньше, благодаря вживлению в свое тело гена Орочимару.

Акацки под предводительством Пейна и Мадары восстанавливают свои силы. Их главная задача - найти способ оживить своих погибших членов. Узнав о угрозе Орочимару, о его целях поймать всех биджу и его новой банде, Пейн решает пополнить ряды Акацки, приняв в них новых преступников и могущественных шиноби.

Наряду со всеми этими событиями, приступают к активным действиям Семь Мечников Скрытого Тумана. Теперь их, по правде говоря, только четверо плюс один "новичок", которому вручили с трудом найденные электрические мечи Райги. Задача мечников - сделать селение Тумана сильнее чем раньше, отыскать предателя Кисаме и забрать у него Самехаду (вместе с жизнью, разумеется).